净福寺的山号小保山取自地名，在天正年间（1573年～1593年）曾作为津村城主津村秀门的祈愿寺，称为天台宗小保山受信寺。天和6年（1620年），归属本愿寺并改名为小保山净福寺。这座寺院还被称为城北寺院，山门原为柳川城的辻御门，据说是在明治5年（1872年）火灾烧毁天守阁、本丸和二之丸后移建而来。这座山门的看点是与其他寺院的山门不同，山门没有任何装饰雕刻。通过导游随行路线可以欣赏到本堂的壮丽装饰（视日程而定）。
净福寺被注册为国家有形文化遗产。从本堂的栋札和鬼瓦上的日期可以得知，本堂重建于天保5年（1834年）。除了本堂，还有钟楼和药医门的山门保存至今。虽然在2004年对本堂的屋顶瓦片和走廊的建材进行了大规模的外部修缮，但向拝周围的雕刻和本堂内部仍很好地保留了天保时期重建时的状况，受到高度评价。